clarifying examples, adding logging capabilites

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## The following two sections:
##
##		"FILTERS AND DELIMITERS"
##
##	and
##
##		"SELECTIONS"
##
## should be determine depending on the particular organism, protein,
## genes (ie. target) and data layout of the specific file to be
## processed.
##
## Here we present the case for Tetrahymena Thermophila.
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############  CASE FOR TETRAHYMENA THERMOPHILA  #####################
################# FILTERS AND DELIMITERS ############################
# filterS can be modified/added depending on the "TARGET" organism and 'protein'
filter1="gene"
filter2="Name=TTHERM_"
# and one could keep addingg further 'filters' if needed...
# filter3='"hypothetical protein"'
# ...

# Eg.
# TARGET=$(grep $filter1 $FILE | grep $filter2)
#
# grep $filter1 $FILE | grep $filter2 | awk '{print $1":"$4"-"$5"  "$9}


# define some delimiters...
delim1="TTHERM"
delim2=";Note"
delim3="Note="

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