added global timers to the main ORF script

diff --git a/core/countReads.sh b/core/countReads.sh
index 0d4f325..807c7b0 100755
--- a/core/countReads.sh
+++ b/core/countReads.sh
@@ -28,6 +28,10 @@
 #################################


+### TIMERS... #################
+startTime=`date +%s`
+###############################
+
 #######################################################
 # check that the script is not being sourced!!!
 if [[ $0 == '-bash' ]]; then
@@ -255,4 +259,14 @@ $scriptsDIR/comb_tables.sh $INPUTfile $IPfile $REFfile
 cp -v FINAL.table.*  $resultsDIR

 # clean temp dir used
-rm -rfv $WORKINGdir
+rm -rfv $WORKINGdir
+
+
+### TIMERS... #################
+endTime=`date +%s`
+
+runtime=$((endTime-startTime))
+
+echo "Total runtime: $runtime"
+
+################################